1387 BD (s) adolescent (s)

Après la fureur du tournoi, Negi peut enfin se reposer. Malheureusement, un nouveau problème surgit : plus de la moitié des filles de sa classe connaît désormais son secret.

La lutte contre les homonculus s'intensifie. Après un combat sans merci, Edward et Lin se sont fait avaler par Gluttony. Dans son gigantesque estomac, ils découvrent de nombreux éléments concernant le complot organisé par leurs adversaires. Ils parviennent à s'en extraire mais tombent sur un mystérieux personnage qui ressemble à Van Hohenheim. Pendant ce temps, Roy Mustang est capturé.

Central City est, plus que jamais, le centre d'un obscur complot. Le colonel Mustang voit son unité démantelée tandis qu'Edward et Alphonse doivent faire face au géniteur des homonculus. Ce dernier parvient à rallier Lin à sa cause, le prince de Xing succombant aux pouvoirs de la pierre philosophale. Edward se rend alors chez Riza Hawkeye pour entendre les chroniques de la guerre d'Ishbal.

L'art alchimique venu de Xing semble être le seul moyen de lutter contre les homonculus et leur chef. Les recherches des deux frères Elric les mènent vers le nord où ils font la connaissance d'un nouveau membre de la famille Armstrong qui règne sans partage sur la forteresse protégeant la frontière septentrionale du pays. Zolf J. Kimblee, un alchimiste dément, part sur leurs traces.

Edward et Alphonse Elric sont à la recherche de May Chang, une jeune fille originaire de Xing qui détient le secret de l'élixirologie. Ils ont réussi à convaincre le général de division Armstrong gardant la frontière nord du pays de les aider dans leur quête. Ils font la rencontre peu amicale du homonculus Sloth, qui, lui, a pour mission de creuser un mystérieux tunnel.

Les frères Elric se retrouvent au coeur d'un complot aux implications dépassant l'imagination. Ils doivent faire face aux luttes d'influence qui gangrènent les plus hautes instances de l'armée et affronter le machiavélique Kimblee, alchimiste fanatique qui est prêt à tout pour arriver à ses fins. La jeune May veut récupérer les notes du frère de Scar permettant de lutter contre les homonculus.

Le directeur d'un orphelinat de Prague aurait été tué par une belle jeune fille blonde. Tenma se lance sur ses traces, en compagnie de Grimmer, recherché pour ce même meurtre.

Runge, le commissaire du BKA, convaincu de l'implication de Johann dans la série de meurtres, se rend à Prague pour en savoir plus. Il comprend que le livre d'images Le monstre sans nom, créé par un agent de l'ex-police secrète tchécoslovaque, a profondément influencé le jeune garçon.

Tenma, arrêté à Prague, est transféré à Düsseldorf. Il découvre qu'un de ses avocats est un fervent admirateur de Johann et qu'il a l'intention de tuer Eva. Pour pouvoir s'enfuir et la sauver, il reconnaît être l'auteur des crimes dont il est accusé.

La clé du mystère se trouve dans la villa des roses. Tenma, Nina et Johann s'y rendent chacun de leur côté.

Nina, qui est restée à Prague dans l'espoir de retrouver des souvenirs de son enfance, recouvre finalement toute sa mémoire.

Milan paraît décider à tuer Peter Capek. Il raconte son passé à Tenma et aux enfants qui habitent son immeuble. A la fin, Nina s'apprête à révéler une histoire effrayante à son frère jumeau. Manga.

Nina, qui a recouvré la totalité de sa mémoire, se trouve face à face avec Johann. Elle commence à révéler le secret de la villa des roses et l'atroce vérité sur la naissance du monstre. Dans le même temps, Runge et Grimmer arrivent dans une petite ville au beau milieu des montagnes pour y rechercher une personne. Manga.

Ruhenheim, une petite ville ordinaire vient de tomber dans la folie meurtrière. Johanne parle de suicide parfait, et Runge et Grimmer ne savent pas s'ils pourront arrêter cette hécatombe. Néanmoins, le secret de la naissance des jumeaux va être révélé. Manga.

Johann a laissé à Tenma un énigmatique message, le professeur Gillen, spécialiste en psychologie criminelle va peut-être pouvoir l'aider. Mais au lieu de cela, Gillen se retrouve au pied du mur.

Karl, un étudiant, fait la lecture à un millionaire aveugle pour gagner de l'argent pour ses études. Un jour, il rencontre un certain Johann qui fait le même travail pour le même homme. Mais des évènements étranges se produisent autour de Karl. Qui est vraiment ce Johann ?

Richard, détective privé, est engagé par Schuwald, l'homme le plus influent de la Bavière, pour enquêter sur une série de faits étranges qui se sont produits dans son entourage. Peu à peu, il met au jour les plans diaboliques du bras droit de Schuwald et se lance dans la lutte contre quelqu'un de beaucoup plus effrayant qu'un monstre...

Tenma veut se débarrasser de Johann et l'épie de très près. Alors qu'il apprend que Johann doit assister à la présentation de la collection d'ouvrages de Schluwald, Tenma décide d'entrer en action...

Tenma a décidé d'assassiner Johann et se tient prêt dans la bibliothèque de l'université. Mais comment va réagir Johann ? La vie de fugitif de Tenma va-t-elle se terminer là ?

Le journaliste Grimmer enquête sur les agissements du directeur du 511 Kinderheim (foyer de la DDASS) dans le Berlin-Est d'avant la chute du mur et notamment sur ses expériences sur les enfants. Mais peu de temps après avoir pris contact avec le professeur Biaman, celui-ci est tué...