Dans cette saison, James Gordon est rétrogradé comme simple policier. Bruce a grandi et va de découvertes en découvertes : Wayne Enterprise serait à l'origine de manipulations génétiques au coeur d'Indian Hill, une division de l'entreprise en contact avec l'asile d'Arkham, que son père voulait fermer définitivement. Une vague de crimes déferle sur Gotham, qui aura de graves répercussions sur la pègre et sur tous les citoyens... 22 épisodes : "Le secret de Thomas Wayne", "Les Maniax attaquent", "Rira bien qui rira le dernier", "La force de frappe", "Le bras de la vengeance", "Le feu du désespoir", "A chacun sa vérité", "Duel au sommet", "Injustice et manigances", "Le fils de Gotham", "Du sang sur les mains", "Sueurs froides", "D'amour et de glace", "Tuer le tueur", "On ne choisit pas sa famille", "Entre quatre murs", "Amis ou ennemis", "Promesses tenues", "Azrael", "L'union fait la force", "Les soldats du professeur Strange" et "Métamorphoses".
