Alors que le fléau déclenché par l'homme se déchaîne, trois étrangers naviguent dans le chaos : Lila, enceinte, Kittridge, obligé de fuir pour échapper aux mutants, et April, une adolescente luttant pour protéger son frère. Cent ans plus tard, Amy et les siens, héros du premier volet Le Passage, ignorent que les règles ont changé et que l'ennnemi a évolué.
