Au fond des océans, un monstre sème la terreur. L'expédition du capitaine Farragut est chargée d'anéantir la bête. Lorsque les marins l'aperçoivent enfin, ils constatent que l'animal est en fait un sous-marin, le Nautilus, avec à son bord le capitaine Nemo. L'équipage de Farragut est rapidement neutralisé. Désormais, Pierre Arronax et le professeur sont prisonniers dans l'étrange vaisseau.