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Alors que la vie sur Terre est devenue impossible pour les humains, chaque pays vit désormais cloîtré dans des cocons éparpillés dans l'espace. Arata, Tara, Caesar et Louis sont des néoténies, des enfants précieux dont le corps est adapté à la vie dans l'espace et à la maturité d'adultes. Ils croisent la route d'une étrange femme aux cheveux verts, atteinte de la maladie de Daphné.

Arata, désormais chercheur au sein de l'université des Colonies unies, essaie d'améliorer l'espérance de vie des daphnéens. Son travail le conduit à négliger Tara, qui aimerait passer un autre contrat avec lui.

Les jumeaux technocrates pressent les néotènes pour qu'ils trouvent des partenaires de reproduction. Les recherches d'Arata pour sauver la vie des daphnéens ne progressent pas.

Alors que la relation entre Louis et Caesar prend une tournure irrémédiable, Tara aimerait qu'Arata décide rapidement si oui ou non il accepte de devenir son partenaire reproducteur. Mais ce dernier est surtout intéressé par un colloque scientifique qui approche.

Tara et Gigi se sentent trahies et abandonnées après la décision d'Arata. Elles s'interrogent sur ce qui a pu pousser le scientifique à agir ainsi.

Après sa formation de technocrate, Arata est affecté aux services spéciaux de renseignements de la division de contrôle de la population. Il tente de sauver Gigi.

Arata a découvert le propulseur magnétoplasmique à impulsion spécifique variable. Grâce à cette machine, le scientifique japonais souhaite enfin atteindre son but secret. Mais il doit convaincre Tara.

Caesar prend une décision radicale. Plutôt que se s'envoler avec ses amis, il préfère rejoindre la Terre aux côtés de Gigi.

Yuri est une jeune collégienne qui rêve d'aller dans l'espace mais sa famille, qui tient un restaurant, n'a pas les moyens de l'envoyer à l'université. Cependant, son destin change quand elle rencontre Soichiro Honda, un étrange lycéen qui chante le générique d'Anpanman, le héros des enfants.