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La fête de Mahora a commencé mais Negi épuisé s'endort l'après-midi du premier jour. Il avait pourtant promis à Nodoka qu'il passerait quelques heures en sa compagnie. Heureusement, Tchao fait un cadeau au jeune professeur : une machine à remonter le temps.

Les vacances d'été arrivent pour toutes les élèves de la 3e A. C'est le moment que choisit Anya, l'amie d'enfance de Negi, pour apparaître...

Dans le monde magique, de multiples dangers attendent Akira, Chisame, Natsumi et les autres. Negi est violemment attaqué par Fate. Quant à Lui et ses élèves, ils sont dispersés aux quatre coins de cet univers.