La suite des aventures d'Arata qui a accepté de reprendre l'apparence d'un lycéen de 17 ans pour mener à bien une expérience sur la réinsertion sociale. Après avoir lié connaissance avec plusieurs élèves dont Kazuomi Oga, Rena Kariu et Chizuru Hishiro, il décide de venir en aide à cette dernière, handicapée par son extrême timidité.