Linus Baker, 40 ans, mène une vie paisible et solitaire sur une île magique avec pour seule compagnie son chat. Travailleur social au département chargé de la jeunesse magique, il veille au bien-être des enfants dans les orphelinats dirigés par le gouvernement. Un jour, il est missionné secrètement pour se rendre à l'orphelinat de l'île de Marsyas où vivent six enfants dangereux.
